Depuis sa destruction, Midgar a été réduite en ruine, et les habitants commencent petit à petit à reconstruire. Cependant, une mystérieuse maladie, Geostigma, les tourmente, n'apportant que la mort et encore plus de désespoir. Cloud, quant à lui, vit une vie calme, avec des orphelins. Tous ceux qui lui étaient chers pendant la guerre qui les opposa deux ans avant à la Shinra l'ont laissé avec ses stigmates du passé. Un jour, il reçoit un appel téléphonique, lui offrant un nouveau travail, demander le protection contre un dénommé Kadaj. Jeune et violent, Kadaj et sa bande recherchent leur « Mère ». Ainsi, ils s'es prennent aux orphelins protégés par Cloud. Un nouveau combat est inévitable. Les mots d'une ancienne amie redonnent confiance à Cloud, et la bataille contre Kadaj peut commencer